Высшую школу стратегического анализа и прогнозирования возглавляет директор, имеющий двух заместителей — по научно-учебной работе и по работе с кадрами.

В ВШСАП действуют учебные кафедры, специализирующиеся на вопросах геополитики, политологии, социологии, экономики, психологии, международного права и безопасности, информационно-коммуникационных технологий, иностранных языков, а также методологии системного анализа и прогнозирования, которые формируются из числа высокопрофессиональных преподавателей преимущественно имеющих ученную степень.

Центр системных исследований (ЦСИ) осуществляет изучение острых, насущных, злободневных проблем, стоящих перед государством и обществом, а также оказывает практическую помощь обучающимся в подготовке информационно-аналитических документов.

В структуре Высшей школы имеется своя редакционно-издательская группа, выпускающая монографии, научные статьи, аналитические обзоры, пособия для учебного процесса, газету под названием «Давр талаби».

Указанное направление занимается организацией и сопровождением научных исследований, повышает качество научных исследований, создает условия для укрепления и развития науки в Высшей школе.

За 20 лет существования ВШСАП удалось сформировать богатейший библиотечный фонд, который играет важную роль в подготовке высококвалифицированных специалистов, где каждый слушатель может найти ответ на любой интересующий его вопрос. В библиотеке Школы имеется видеотека, а также архив диссертаций, служащие серьезным подспорьем в подготовке аналитических справок и работ.